Theo Bộ GTVT, về tình hình an ninh, trật tự tại một số trạm thu phí hiện nay, giai đoạn từ đầu năm 2016 đến tháng 7-2017, tại một số trạm thu phí điển hình như: Trạm cầu Hạc Trì, Quốc lộ 32, Quốc lộ 6, Cầu Giát, Bến Thủy, tỉnh Quảng Bình, tỉnh Hưng Yên đã xảy ra hiện tượng các hộ dân khu vực tập trung phương tiện dàn hàng ngang phản đối chính sách phí chưa công bằng.
Theo quy định tại Thông tư số 159/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính thì các phương tiện xe máy, máy nông nghiệp, xe cứu thương, xe hộ đê, xe phục vụ an ninh quốc phòng, xe tang, đoàn xe có xe hộ tống đã được miễn phí; đối với các phương tiện có nhu cầu đi lại nhiều lần qua trạm thu phí trong ngày, Bộ Tài chính quy định loại vé tháng mệnh giá bằng 30 lần vé lượt và phương tiện đi lại không hạn chế số lần trong ngày; vé quý tiếp tục giảm so với vé tháng 10%. Thông tư số 159/2013/TT-BTC không quy định miễn phí đối với các phương tiện của người dân khu vực lân cận trạm thu giá. Do Thông tư số 159/2013/TT-BTC hướng dẫn chính sách phí nên Bộ GTVT không có quyền điều chỉnh để giải quyết bất cập.Từ ngày 1-1-2017, Luật giá có hiệu lực, Bộ GTVT đã làm việc với các nhà đầu tư, địa phương thống nhất chủ trương giảm giá cho các đối tượng bị ảnh hưởng vùng lân cận trạm thu giá dịch vụ. Với giải pháp này, cùng với sự vào cuộc quyết liệt của các địa phương, đến nay đều nhận được sự đồng thuận của người dân và trạm thu phí vận hành ổn định.
Giai đoạn thu phí từ tháng 8-2017 đến nay, Bộ GTVT đã chỉ đạo Tổng cục Đường bộ Việt Nam làm việc với các địa phương, nhà đầu tư, đã giảm giá cho các trạm trên toàn quốc tương tự như 6 trạm nêu trên. Đến nay, Bộ GTVT đã miễn, giảm giá cho các phương tiện khu vực lân cận trạm thu phí tại 51 dự án/55 dự án đã khai thác. Tuy nhiên, tình hình mất an ninh trận tự tại các trạm thu phí ngày càng phức tạp, lan rộng và manh động; coi thường pháp luật, ảnh hưởng đến tình hình an ninh trật tự, quyền và lợi ích chính đáng của những công dân tuân thủ pháp luật, điển hình tại Trạm thu phí Cai Lậy, Trạm Trảng Bom - Biên Hòa, Trạm Sóc Trăng. Đến nay, việc phản ứng của một nhóm tài xế ngày càng manh động, lan rộng đến cả những trạm thu phí của dự án khác, kể cả các dự án không đầu tư xây dựng tuyến tránh như: Trạm Cần Thơ - Phụng Hiệp, trạm Sông Phan - tỉnh Bình Thuận, trạm phía Bắc tỉnh Khánh Hoà, Trạm Ninh An, Trạm Cam Thịnh...
Các hành vi điển hình, theo Bộ GTVT, như: một số lái xe có hành vi cản trở các phương tiện qua trạm cố tình không mua vé, dàn hàng ngang, không di chuyển theo hướng dẫn của nhân viên trạm, cố tình gây ùn tắc; một số lái xe cố tình điều khiển xe tông hỏng barier để vượt trạm, đỗ xe trong phạm vi trạm để lau chùi, rửa xe, quay lại đòi lại tiền đã mua vé với lý do có xe đi sau không phải mua vé khi xả trạm...
Hiện tượng đáng chú ý là có một số đối tượng lôi kéo, kích động lái xe phản đối việc mua vé; cản trở các tài xế mua vé hoặc đe dọa nhân viên bán vé lặp lại nhiều lần tại các trạm thu phí từ miền Trung đến các tỉnh Tây Nam Bộ, gây ùn tắc, mất an ninh trật tự, ảnh hưởng đến quyền và lợi ích chính đáng của những công dân tuân thủ pháp luật.
Đánh giá nguyên nhân, theo Bộ GTVT qua rà soát và làm việc với chính quyền địa phương và các bên có liên quan, Bộ GTVT đánh giá tình hình mất an ninh, trật tự tại các trạm thu phí do những nguyên nhân cơ bản sau: Việc đưa các trạm thu phí vào hoạt động dẫn đến các phương tiện đang được sử dụng đường miễn phí phải trả phí, người sử dụng có tâm lý phản đối việc thu phí. Ngoài ra, hệ thống văn bản quy phạm pháp luật điều chỉnh hình thức đầu tư này chưa hoàn thiện, chưa phù hợp thực tế; quá trình xây dựng văn bản pháp luật điều chỉnh hình thức BOT, đặc biệt chính sách phí chưa lường hết được các tác động đối với người sử dụng đường.
Công tác lựa chọn vị trí đặt trạm và chính sách phí tại một số dự án còn bất cập. Đối với các quốc lộ, chỉ áp dụng được hình thức thu phí lượt và hình thức này có hạn chế là chỉ đáp ứng được tính công bằng một cách tương đối (người dân ở gần trạm thu phí đi quãng đường ngắn nhưng vẫn phải trả phí trong khi đó những người đi quãng đường dài 40-50 km ở khoảng giữa 2 trạm thu phí thì vẫn không phải trả phí). Chất lượng phục vụ dịch vụ đường của nhà đầu tư còn hạn chế, để hư hỏng, xuống cấp không kịp thời sửa chữa.
Bộ GTVT, nhà đầu tư chưa tuyên truyền và chưa phối hợp tốt với các địa phương và các bộ ngành; nhiều địa phương e ngại xử lý tình hình an ninh, trật tự chưa thực sự hiệu quả, chưa xử lý nghiêm các hành vi vi phạm pháp luật về an ninh, trật tự; có những địa phương còn xin miễn giảm 100% giá các phương tiện xe biển xanh trên địa bàn tỉnh như tỉnh Bình Định, Quảng Nam, Khánh Hòa..