Phó Chủ tịch UBND TP nhìn nhận năm 2019, dự án chịu nhiều khó khăn về nguồn vốn do liên quan việc điều chỉnh tổng mức đầu tư, Ban Quản lý đường sắt đô thị cũng chịu nhiều áp lực... Tuy nhiên, hiện các khó khăn lớn nhất đã được giải quyết như tổng mức đầu tư mới đã được điều chỉnh, đồng thời đã thành lập công ty chuẩn bị cho việc vận hành, kiện toàn bộ máy... Vì vậy, năm 2020, ông Võ Văn Hoan đánh giá là mốc thời gian đặc biệt quan trọng để đẩy nhanh tiến độ thực hiện bởi thời gian không còn nhiều so với kế hoạch đã cam kết.
Dự án tuyến metro số 1 dài gần 20 km, được UBND TP HCM phê duyệt năm 2009, với tổng vốn đầu tư 17.388 tỉ đồng. Thời điểm này, dự án thuộc nhóm A - không phải trình Quốc hội phê duyệt chủ trương đầu tư. Tuy nhiên, tư vấn chung của dự án sau đó tính toán và xác định lại, nâng tổng mức đầu tư lên 47.325 tỉ đồng. Sau khi lấy ý kiến các bộ ngành, Thủ tướng cho phép UBND TP phê duyệt điều chỉnh dự án vào tháng 8-2011, với tổng mức đầu tư mới là hơn 47.325,2 tỉ đồng. Lúc này dự án lại thuộc diện phải trình Quốc hội phê duyệt chủ trương đầu tư, song chưa được thông qua.
Đó là nút thắt lớn nhất khiến dự án gặp nhiều khó khăn và trong giai đoạn 2017- 2019, xảy ra tình trạng nợ nhà thầu thi công, dẫn đến tiến độ chậm. UBND TP HCM thời gian nay này đã nhiều lần tạm ứng vốn từ ngân sách để thanh toán cho các nhà thầu.
Đầu năm 2019, Bộ Chính trị đồng ý chủ trương điều chỉnh tổng mức đầu tư của dự án, giao Ban cán sự Đảng Chính phủ chỉ đạo các cơ quan chức năng thực hiện tốt công tác thẩm định, phê duyệt tổng mức đầu tư dự án theo quy định. Cuối năm 2019, sau khi có ý kiến từ các bộ - ngành liên quan, UBND TP HCM đã phê duyệt điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án nhưng sau khi rà soát tất cả các hạng mục, tổng mức đầu tư giảm từ 47.000 tỉ đồng xuống còn 43.600 tỉ đồng (làm tròn). Theo lãnh đạo TP HCM, tuy giảm bớt 3.400 tỉ đồng nhưng tất cả các hạng mục còn lại đều được đảm bảo.