Theo kết luận của Ủy ban Kiểm tra Thành ủy TP HCM, Đảng ủy Trường Đại học Tôn Đức Thắng không thực hiện đầy đủ chức năng, nhiệm vụ theo Quy định số 97-QĐ/TW ngày 22-3-2004 của Ban Bí thư về chức năng, nhiệm vụ của đảng bộ, chi bộ cơ sở trong các đơn vị sự nghiệp; buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, kiểm tra, giám sát việc thực hiện nhiệm vụ chính trị.
Đảng ủy Trường không bàn bạc, trao đổi và không có nghị quyết lãnh đạo đối với một số chủ trương lớn liên quan đến hoạt động của trường; để xảy ra các khuyết điểm, vi phạm về công tác cán bộ, công tác quản lý tài chính, tài sản, thực hiện dự án đầu tư, chấp hành không đầy đủ các kết luận kiểm tra, kiểm toán của cơ quan, tổ chức có thẩm quyền.
Đảng ủy trường buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, để lãnh đạo trường vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ trong việc không chấp hành các chỉ đạo của cơ quan chủ quản là Tổng LĐLĐ Việt Nam...
Những khuyết điểm, vi phạm của Đảng ủy Trường Đại học Tôn Đức Thắng có trách nhiệm của cá nhân ông Lê Vinh Danh, Bí thư Đảng ủy, với vai trò là người chịu trách nhiệm cao nhất về hoạt động của Đảng ủy, Đảng bộ Trường và trực tiếp phụ trách công tác tổ chức, cán bộ.
Ngoài trách nhiệm của người đứng đầu đối với những khuyết điểm, vi phạm của Đảng ủy trường, Ủy ban Kiểm tra Thành ủy TP HCM cũng nhận thấy cá nhân ông Lê Vinh Danh có khuyết điểm, vi phạm trong chỉ đạo xây dựng, ban hành quy chế làm việc và các quy chế, quy định của trường có nội dung không đầy đủ, không bám sát quy định của Đảng, pháp luật; không tổ chức tổng kết việc thực hiện Đề án thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động giai đoạn 2015-2017 để báo cáo các cơ quan có thẩm quyền, dẫn đến việc trường tiếp tục thực hiện các nội dung Đề án đến năm 2019 chưa đảm bảo cơ sở pháp lý.
Cá nhân ông Lê Vinh Danh thiếu gương mẫu trong việc thực hiện quy định về kê khai tài sản, thu nhập; sử dụng chức danh giáo sư chưa đảm bảo quy định pháp luật hiện hành...