Quan điểm của giới an ninh Mỹ nêu nguy cơ các thành phần khủng bố sử dụng mật mã gây khó khăn cho nỗ lực điều tra phát hiện. Ở Pháp từng có tin đồn cấm phần mềm mã nguồn mở Tor - vốn cho phép người dùng ẩn danh bằng cách che giấu địa chỉ IP gốc và những vị trí di chuyển khác.
Cụm từ mã hóa nối đầu đã được sử dụng khá phổ biến kể từ khi xuất hiện những rò rỉ về thông tin mật của Cơ quan An ninh quốc gia Mỹ (NASA) phát xuất từ cựu nhân viên đang đào tẩu Edward Snowden. Cụm từ này có nghĩa là dữ liệu mã hóa từ một thiết bị ban đầu chỉ được giải mã khi dữ liệu đó đến đúng nơi nhận chứ không thể ở giai đoạn trung gian nào nhằm bảo vệ nội dung trao đổi. Các công ty công nghệ lớn thắt chặt mật mã mặc định của họ và hiện có nhiều công cụ tin nhắn bảo mật như Signal, Crypto Cat và dạng mật mã khác đang được sử dụng. Các cơ quan tình báo cáo buộc công nghệ mật mã tạo điều kiện cho các phần tử khủng bố mặc “chiếc áo tàng hình”.
Tuy nhiên, nhật báo The Times of India dẫn lời nhà nghiên cứu Chinmayi Arun thuộc Đại học Luật Quốc gia Ấn Độ lập luận rằng bọn khủng bố không cần biết cơ sở phục vụ thông tin đó có được chính quyền chấp nhận hay không, chúng chỉ cần tìm kiếm công nghệ bảo mật ở thị trường chợ đen. Cùng quan điểm, chuyên gia phân tích công nghệ Nikhil Pahwa cho rằng từ sự áp đặt của chính quyền, công dân khó khăn hơn trong sử dụng mật mã để bảo vệ quyền riêng tư. Các nhà báo khó có thể thông tin an toàn với nguồn tin và các cơ quan tình báo đã tạo ra sự đối đầu không đáng có giữa an ninh quốc gia và an toàn cá nhân. Theo chuyên gia tư vấn an ninh Akash Mahajan, hạn chế sử dụng mật mã sẽ tạo ra những lỗ hổng khiến tin tặc dễ xâm nhập với mục đích xấu. Ông nói rằng công cụ mật mã đang sử dụng trong kinh doanh ở mọi nơi. Tình trạng mật mã yếu đi có thể tạo điều kiện cho nạn gián điệp kinh tế hoạt động dễ dàng hơn.
