Hội được thành lập ngày 22-1-1994 với tên gọi ban đầu là Hôi Bảo trợ Bệnh viện miễn phí. Hỏi do các ông Nguyễn Vĩnh Nghiệp, Ngô Thị Huệ, Đỗ Duy Liên, Tô Ký đứng ra sáng lập nhằm giúp bệnh nhân nghèo có điều kiện khám, chữa bệnh miễn phí tại bệnh viện miễn phí An Bình, huyện Cần Giờ, An Nhơn Tây, huyện Củ Chi.
Từ năm 1998 UBND TP HCM cho phép đổi tên thành Hội Bảo trợ Bệnh nhân nghèo TP HCM cho phù hợp với yêu cầu nội dung hoạt động của Hội.
Trong 30 năm qua, Hội Bảo trợ Bệnh nhân nghèo TP HCM đã đứng ra kết nối vận động các nhà tài trợ ủng hộ thông qua Hội với số tiền 3.284 tỉ đồng.
Số tiền đó đã cứu sống trên 10.300 cháu bé mắc bệnh tim bẩm sinh, 710.000 bệnh nhân nghèo được mổ mắt miễn phí ở các tỉnh thành trên khắp cả nước.
Ngoài ra Hội còn giúp mổ mắt miễn phí cho các kiều bào, người dân Lào và Campuchia. Được biết,trong 10.300 ca mổ tim, hầu hết là các trẻ em mắc bệnh tim bẩm sinh, còn có 569 trường hợp là người lớn.
Trong đó, có một số trường hợp Hội đã đưa sang Hàn Quốc và Thái Lan phẫu thuật với sự tài trợ của Tổ chức Seong An ( Hàn Quốc) và Tổng Lãnh sự Thái Lan tại TP HCM.
Được biết ngoài 2 chương trình lớn “Cứu trẻ em bị bệnh tim bẩm sinh” và “Đem lại ánh sáng cho bệnh nhân nghèo”, Hội còn tổ chức nhiều chương trình khác: Chương trình “Xe lăn cho người tàn tật và trẻ em bại liệt" đã trao 51.643 chiếc xe lăn, xe lắc cho người khuyết tật ở các tỉnh thành; “Học bổng cho học sinh, sinhh viên nghèo khuyết tật, hiếu học”.
Đến nay, Hội đã cấp 28.188 suất học bổng cho học sinh, sinh viên đặc biệt là người dân tộc ở các tỉnh Tây nguyên; Chương trình “ Nước sạch học đường”…