Cá thu tươi, mua về rửa sạch, cắt lát mỏng, lột lấy da, xương, mô sụn để riêng... chỉ dùng nạc (để ráo) cho vào cối giã quết từng ít một hoặc dùng máy xay nghiền cho nhuyễn. Cứ mỗi kg cá ướp với: 1,5 muỗng xúp hành lá cắt thật nhuyễn + 1/2 muỗng xúp lá thìa là băm nhuyễn + 1 muỗng càphê tiêu + 1 muỗng xúp nước mắm + 1/2 muỗng càphê muối.
Chả cá đã xay nhuyễn vo thành dạng sợi cỡ bằng ngón tay út hoặc viên tròn nhỏ... chiên trong chảo nhiều dầu, vớt ra để ráo. Cứ 1kg đầu cá thu nấu thành khoảng hai lít nước. Chặt đầu cá thành miếng nhỏ, cho thêm phần da, xương sụn, măng chua, cà chua... nấu với ít nước vừa đủ xâm xấp cá, hầm nhỏ lửa cho đến khi đầu cá mềm, lược bỏ xác xương da qua một túi vải thưa cho nước trong đẹp, thêm nước sôi vừa đủ; cho thêm măng chua, cà chua xắt vào nồi nước dùng, giữ nóng trên bếp.
Để nồi nước dùng đẹp, hấp dẫn, dùng dầu ăn phi với ít hột điều màu, cho dầu màu vừa đủ vào nồi nước dùng. Hành lá cắt khúc ngắn chừng ba bốn phân, tỉa hoa và hành củ cắt lát mỏng, để riêng. Hành lá, ngò, lá thì là (tuỳ ý) cắt nhỏ để riêng, gừng non cắt sợi. Cuối cùng, chia bún vào tô, trải ít miếng chả hấp lẫn chả chiên lên mặt bún, châm nước dùng cá thật nóng vào, trải hành ngò (thì là, gừng tuỳ ý) cắt nhỏ, rắc thêm tiêu, ớt chín, ngò trải mặt bún, món bún chả cá thường chỉ ăn kèm hành lá, hành củ sống hoặc trụng; nêm nước mắm nguyên chất chanh ớt và ăn nóng.
